Alilaguna sanifica i propri mezzi di trasporto che svolgono servizio di linea, in conformità con le direttive emanate dalla Regione Veneto. Le imbarcazioni, prima di essere soggette ad ordinaria pulizia, vengono disinfettate con il GD90, detergente germicida e virucida efficace contro numerosi batteri e virus, tra cui il Coronavirus. Il disinfettante viene lasciato agire all'interno dell'imbarcazione almeno 30 minuti a porte chiuse.
Il servizio di linea è svolto regolarmente.